Tại Hà Nội, nơi Nguyễn Trung Ngạn từng có nhiều năm gắn bó và làm đến chức Kinh sư đại doãn trực tiếp cai quản kinh thành, đã có bảy nơi thờ Nguyễn Trung Ngạn6:

1. Đền Tiên Hạ: 46A ngõ Phất Lộc
2. Đền Hương Tượng: 64 Mã Mây
3. Đền Hương Nghĩa: 13B Đào Duy Từ
4. Đình Mỹ Lộc: 45 Nguyễn Hữu Huân
5. Đình Hương Bài: 90 Trần Nhật Duật
6. Đình Ưu Nghĩa: 2A Nguyễn Hữu Huân
7. Đình Phúc Lộc: 6 Lương Ngọc Quyến

Trên quê hương Thổ Hoàng, Ân Thi, Hưng Yên, phần mộ của cụ Nguyễn Trung Ngạn đặt trên cồn Con Nhạn, nằm ở phía Tây Nam làng Thổ Hoàng, cách khoảng 1 km đường chim bay7. Còn nhà thờ cụ Nguyễn Trung Ngạn là một ngôi nhà ngói ba gian, có tổng diên tích khoảng 35 m2 trên một thửa đất rộng gần 200 m2.Hiện nay UBND thành phố Hà Nội, tỉnh Hưng Yên và dòng họ Nguyễn Trung đang có kế hoạch xây dựng một khu tưởng niệm Nguyễn Trung Ngạn tại làng Thổ Hoàng và dự kiến sẽ hoàn thành vào dịp kỉ niệm 1000 năm Thăng Long Hà Nội 8.

Tại Nghệ An, có họ Nguyễn Công tại xã Thái Sơn, huyện Đô Lương được coi là dòng dõi của Nguyễn Trung Ngạn, mộ phần của ông tương truyền tại thôn Lệ Nghĩa, nay là xã Minh Sơn, huyện Đô Lương. Nhà thờ họ Nguyễn Công tại xã Thái Sơn, huyện Đô Lương đã được tỉnh Nghệ An công nhận là "Di tích lịch sử, văn hóa cấp tỉnh, thành phố". Họ Nguyễn Tài tại xã Thanh Văn, huyện Thanh Chương cũng là hậu duệ của Nguyễn Trung Ngạn với các tên tuổi như Nguyễn Tài Cẩn, Nguyễn Tài Tuệ.Cũng tại Nghệ An, đền Linh Kiếm cũng là nơi thờ Hoàng Giáp Nguyễn Trung Ngạn, ở thôn Thuận Lý, xã Thuận Sơn, huyện Đô Lương.